रोगजनन एक बीमारी के विकास और उससे जुड़ी घटनाओं की श्रृंखला की जांच करता है, जो चरण दर चरण प्रभावित अंगों से संबंधित कोशिकाओं और ऊतकों के रूपात्मक-कार्यात्मक परिवर्तनों को निर्धारित करता है। ये परिवर्तन रासायनिक, भौतिक या जैविक एजेंटों (वायरस, बैक्टीरिया, आदि) के कारण हो सकते हैं।
जबकि एटियलजि कारणों को परिभाषित करता है, रोगजनन परिणामों का अध्ययन करता है।
इसलिए चिकित्सा ग्रंथों को पढ़ने में हम ऐसे शब्दों का सामना कर सकते हैं जैसे: माइक्रोबियल रोगजनन, भड़काऊ रोगजनन, वायरल रोगजनन, घातक रोगजनन (एक बीमारी की प्रवृत्ति, आमतौर पर ट्यूमर, उत्तरोत्तर खराब होने तक, जब तक कि यह संभावित रूप से घातक न हो जाए)। कई रोग विभिन्न कारण कारकों (बहुक्रियात्मक एटियलजि) को पहचानते हैं और इससे भी अधिक वे विभिन्न विकासवादी तंत्र (एकाधिक रोगजनन) द्वारा विशेषता हैं।
