प्रोबायोटिक्स के दुष्प्रभाव अभी तक अच्छी तरह से प्रलेखित नहीं हैं, क्योंकि प्रश्न में अध्ययन को प्रभावित करने वाले कई चर हैं।
/ खमीर जो आंतों के जीवाणु वनस्पतियों के संतुलन पर "सकारात्मक कार्रवाई" दिखाते हैं; लेकिन "हमारी" आंतों की कॉलोनी को विनियमित करने के लिए कई प्रोबायोटिक उपभेदों में से कौन सा सबसे उपयुक्त है? आनुवंशिकी, परिचित, विषयपरकता, शिशु स्तनपान, जीवन शैली, पोषण, आदि। ये अज्ञात हैं जो उपयुक्त जीवाणु तनाव की पसंद को प्रभावित करते हैं, और जिनका मूल्यांकन प्रोबायोटिक्स के किसी भी दुष्प्रभाव से बचने के लिए किया जाना चाहिए।
हालाँकि, प्रोबायोटिक्स के सामान्य प्रभावों पर किए गए शोध से, कई पहलू सामने आए हैं जो हमें उस हल्केपन के बारे में हैरान कर देते हैं जिसके साथ यह चिकित्सा दी जाती है।
फार्मास्यूटिकल उत्पादों में निहित धातुओं या खनिजों के खिलाफ; इन "संदूषकों" की उपस्थिति कुछ उत्पादों के चिकित्सीय अनुप्रयोग को केवल उन उपभोक्ताओं तक सीमित करती है जिनके पास संबंधित अतिसंवेदनशीलता नहीं है।
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