और जिस तरीके से संक्रमण फैलता है वह अलग हो सकता है। रोगजनकों द्वारा मध्यस्थता वाले उपनिवेश वास्तव में हो सकते हैं:
- मूत्राशय से आरोही मार्ग (सबसे अधिक बार): पेरिनेम से (या योनि वेस्टिबुल से, महिला रोगियों के मामले में), सूक्ष्मजीव मूत्रमार्ग में ऊपर जाते हैं, फिर मूत्राशय में, गुर्दे तक; मुख्य कारण महिलाओं के लिए संक्रमण में संभोग के दौरान मूत्रमार्ग की विकृति होती है, जबकि पुरुषों के लिए यह अक्सर प्रोस्टेटाइटिस के लिए माध्यमिक होता है। कैथीटेराइज्ड रोगियों में, कैथेटर की स्थिति या हेरफेर के बाद संदूषण हो सकता है, जिसके परिणामस्वरूप मूत्राशय में रोगजनकों की संभावित चढ़ाई हो सकती है। .
- रक्त अवरोही मार्ग: रक्त प्रवाह के माध्यम से, सेप्टिसीमिया के दौरान, रोगजनक गुर्दे तक पहुंच जाते हैं जिससे नेफ्राइटिस और गुर्दे के फोड़े हो जाते हैं।
- अवरोही लसीका मार्ग: लसीका वाहिकाओं का एक नेटवर्क आरोही बृहदान्त्र को दाहिने गुर्दे से और अवरोही बृहदान्त्र को बाएं गुर्दे से जोड़ता है।
पाइलोनफ्राइटिस में शामिल सूक्ष्मजीव आमतौर पर मूत्र पथ, जननांग और जठरांत्र संबंधी मार्ग के संक्रमण के लिए समान रूप से जिम्मेदार होते हैं, इसलिए मूत्राशय, प्रोस्टेट, गर्भाशय ग्रीवा, योनि, मूत्रमार्ग या मलाशय में: इशरीकिया कोली, क्लेबसिएला एसपीपी।, प्रोटीस एसपीपी., एंटरोकोकस एसपीपी. आदि।
ज्यादातर मामलों में, ये रोगजनक फेकल फ्लोरा के बैक्टीरिया का प्रतिनिधित्व करते हैं, जो आरोही मार्ग लेते हैं, हालांकि सामान्य क्रमाकुंचन (मूत्र पथ की दीवारों के संकुचन और फैलाव के आंदोलन) में "संक्रमण के खिलाफ प्रभावी सुरक्षात्मक कार्रवाई होती है।
अन्य असामान्य सूक्ष्मजीवों की कभी-कभी रिपोर्ट की जाती है: माइकोबैक्टीरिया, यीस्ट और कवक, साथ ही अवसरवादी रोगजनकों जैसे Corynebacterium urealyticum.