मल का पीएच सामान्य रूप से तटस्थ या थोड़ा क्षारीय (6.8 - 7.5) होता है। अधिक अम्लीय मल, केवल नवजात शिशु में शारीरिक, आंतों में संक्रमण (एस्चेरिचिया कोलाई, रोटावायरस) या पाचन विकार, जैसे लैक्टोज या वसा असहिष्णुता (अग्नाशयी अपर्याप्तता या पित्त के ठहराव के कारण स्टीटोरिया) का संकेत दे सकता है।
मल का पीएच विषय की आहार संबंधी आदतों से प्रभावित होता है; उदाहरण के लिए, मांस और डेयरी उत्पादों में अत्यधिक समृद्ध आहार मल को अधिक क्षारीय बनाते हैं। पुटीय सक्रिय आंतों के जीवाणु वनस्पति, वास्तव में, अमीनो एसिड को नष्ट कर देते हैं जो अवशोषण से बच गए हैं, विषाक्त और दुर्गंध वाले अमाइन उत्पन्न करते हैं; परिणामस्वरूप, अमोनिया के उत्पादन में वृद्धि के परिणामस्वरूप मल का पीएच बढ़ जाता है। इसलिए यह कोई संयोग नहीं है कि एक फेकल पीएच जो बहुत अधिक क्षारीय है, शॉर्ट-चेन फैटी एसिड में कमी के साथ (ब्यूटायरेट देखें), कोलोरेक्टल कैंसर के बढ़ते जोखिम से जोड़ा गया है।
यदि मल का पीएच पुटीय सक्रिय डिस्बिओसिस की उपस्थिति में बढ़ जाता है, तो यह किण्वक डिस्बिओसिस की उपस्थिति में कम हो जाता है, जिसके कारण कार्बोहाइड्रेट के अत्यधिक अंतर्ग्रहण या उसी के खराब अवशोषण में पाए जाते हैं ( सीलिएक रोग)। यहां तक कि "प्रचुर मात्रा में लिपिड सेवन, शाकाहारी भोजन में और लंबे समय तक उपवास में, मल का पीएच अम्लीय हो जाता है।
परीक्षण के परिणामों को विकृत करने से बचने के लिए, मल मूत्र से दूषित नहीं होना चाहिए और मूत्र अमोनिया और पुटीय सक्रिय बैक्टीरिया को फेकल पीएच क्षारीय बनाने से रोकने के लिए जल्दी से रेफ्रिजरेट किया जाना चाहिए।